南京财经学校的前身是位于秦淮区东牌楼七十四号的南京市第三十二中学。1980年在南京市教育格局大调整的背景下，成为南京市走读中专校（财经分校）；至1987年成为具有独立办学资格的市直属中等专业学校——南京市财经学校。2001年3月，因新一轮教育布局调整的需要，南京市第五十八中学并入南京市财经学校，开启了一校两区的办学模式。自2006年起，学校作为江苏联合职业技术学院的办学点招收五年一贯制高职学生，成为具有培养中、高职人才资格的中等专业学校。2009年12月，经南京市人民政府同意，更名为南京财经学校。2013年，学校江宁校区全面投入使用，形成一校三区的办学格局。

南京市女子中等专业学校前身为1884年(清光绪十年)美国基督教北美长老会创立的一所新式教会学校——明德女子书院。辛亥革命后更名为私立明德女子中学。1952年1 0月南京市人民政府根据中央关于接办私立学校的有关于指示，将私立明德女中收归国有，改校名为南京市第五女子中学。1968年在“复课闹革命”中，学校恢复招生采用就近入学的方式，并开始招收男生，定校名为“南京市群星中学”。1972年改校名为“南京市第三十六中学"。1986年，经省政府批准，这所百年老校、“老完中”改成职业学校，恢复女校，定名为“南京市女子中等专业学校”。1989年，南京市政府为了整合教育资源，做到优势互补，将南京市幼儿师范由绒庄街迁入莫愁路419号女子中专校内，两校合并，启用“南京市幼儿师范、女子中等专业学校"新校名。

2016年8月，按照南京市人民政府、南京市教育局对全市职业教育决策部署，原南京财经学校与原南京市女子中专校正式合并，并更名为“南京财经高等职业技术学校”。新的学校一校四区、高位发展的办学格局基本形成，也逐步成为南京教育界一艘崭新的“职教航母”。